根据达尔文进化论，生物是逐渐进化而来的。如果这个观点是正确的，那么我们应该预料会发现从古老的生物形态逐渐演变成晚近的生物形态的连续化石纪录。然而，在《物种起源》于1859年发表的时候，古生物学家还没有发现一具能够直接证明生物进化的所谓过渡型化石。为什么化石纪录没能反映出生物的逐渐变化？达尔文解释说，这是由于化石纪录极为不完全。化石的形成是一个非常偶然的事件，过渡型生物体要碰巧被保留下来并被人们发现，更为偶然。不过达尔文的运气非常不错，仅仅过了两年，第一具过渡型化石—始祖鸟就在德国出土了。它既有爬行类的特征，又有鸟类的特征，明显是从爬行类到鸟类的过渡型。早在1833年，法国古生物学家乔弗莱·圣提雷尔就已提出鸟类是从爬行类进化而来的，始祖鸟化石证实了这个预测。达尔文在以后《物种起源》版本中，有节制地、然而愉快地提到了这种“有着类似蜥蜴的长尾、每个关节上长着羽毛，并且翅膀长着两个自由的爪子的奇怪的鸟”，将其做为驳斥整个生物群是突然出现的论调的有力证据。
始祖鸟做为生物进化的直观而形象的证据，被写进了几乎每一本普通生物学教材中，成了尽人皆知的最为著名的化石。因此也成为了反进化论者的攻击目标。他们或者否认始祖鸟是过渡型化石，或者干脆指控始祖鸟化石是伪造的。有一个邪教攻击达尔文进化论是“人类最大的耻辱和丑闻”，其信徒撰写了不少造谣、诬蔑进化论的宣传文章。这个邪教现在在国内已没有什么市场，但是这些宣传文章仍然改头换面在网上传播，例如笔者最近在某个名牌大学应用伦理学研究中心的网站上，发现了自己在5年前就已驳斥过的《进化论，一个错误的信仰》一文。这篇号称由“中科院学员”撰写的造谣文章就是如此制造始祖鸟化石的谣言：
